1、 微波设备的选择性加热：因为水分子对微波吸收*好，所以含水量高的部份，相同的单位时间内吸收微波功率多于含水量较低的部份。这就是选择性加热的特点，利用这一特点可以做到均匀加热和均匀杀菌的目的。 2、 微波设备的节能高效。微波是直接对物料进行作用，空气不吸收微波。因而没有额外的热能损失，炉内的空气与相应的容器都不会发热，空气的温度是由于物料的温度上 升超过环境温度后辐射出的热能导致。所以微波加热的热效率极高，生产环境也明显改善，与远红外加热相比可节电30％以上。 3、 微波设备时间短，效率高。微波加热杀菌是使被加热物体本身的极性分子成为发热体，无需热传导的过程。微波从四周穿透物体内部里外同时使物体在很短时间内达到均匀加热杀菌，大大缩短了干燥杀菌时间，从而更能提高产量。 4、微波设备操作易于控制，工艺先进。与常规方法比较,设备即开即用；没有热惯性，操作灵活方便；微波功率可调，传输速度可调。在微波加热干燥杀菌中，无废水、废气、废渣，是一种安全无害的高新技术。 5、微波设备杀菌效果好。实践证明，利用微波杀菌一般在75℃就可全部杀死大肠杆菌，在80～90℃细菌总数大大降低，时间只需2～6分钟。加热杀菌速度快，时间短，因此保留食品中的营养成份、传统风味，色泽不受破坏。 6、微波设备可延长食品保质期：经微波杀菌处理的物料，可延长半年保质期，对提高产品质量及延长储存周期有显著的效果。 7、微波+紫外：配置紫外杀菌系统，可进一步保证杀菌效果，同时可防止胶袋在干燥杀菌过程中的起胀爆袋

与传统灭菌的比较
        传统灭菌方法主要有：高温灭菌，巴氏杀菌，紫外杀菌，核辐射及红外等方法，这些工艺各有优缺点，高温处理可能使物料承受过高温度而导致有效成份破坏；紫外线穿透能力有限，只能用于饮用纯水等领域；核辐射温度虽低但必须集中处理，用户不能自由操作，费用高，运输不便，需要用户调整生产工艺流程以配合杀菌，并且其安全性一直存在争议，欧美发达国家禁止辐照产品进入市场；红外杀菌仍是以温度为前提，需要达到100～130℃才能杀菌，对热敏性物料是不适合的。总而言之，系统庞大、处理时间长、不易实现自动化、灭菌不彻底、对产品成份有影响、成本高等缺陷，约束了上述灭菌方法的使用。
相较而言。

微波灭菌系统的特点是：
1.时间短、速度快、灭菌均匀彻底
2.低温灭菌，产品不易结焦，能保持有效成分
3. 系统能耗少，占地小，自动化程度高

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